トンネル周辺の斜面の補強
沿線に設置してある風速計および雨量計の数値を監視し、規制値を超過した場合には速度制限や運転見合わせなどの運転規制を実施します。
また土砂対策としてトンネル付近の法面改良を行っているほか、要注意箇所には落石検知装置を設置し監視しています。
指令所に地震計を設置し、一定以上の地震を感知した際に全列車に対し警報を送り列車を停止させます。また、「緊急地震速報受信システム」を活用し、震度４以上の緊急地震速報を受信した場合には全列車に対し自動的に警報を送信、警報を受けた乗務員は列車を安全な場所に停止させます。
ライトニングステーションによるリアルタイム監視と予測を行っています。
地震速報発報端末を運転室に設置しています（発報後は減速停止措置を実施します）。
非常操練のようす
地震を想定した訓練（通常桟橋が使用できないため、他の桟橋に着船する）なども行っています。
大雨や強風（台風）の際は、情報を収集した上で予め計画欠航を実施するようにしています。また、大雪に関しても竹生島の除雪完了後まで運航を見合わせするようにしています。